木犀草素、槲皮素和芦丁在化学结构、来源、生物活性等方面存在区别：

1. 化学结构：

木犀草素是一种黄酮类化合物，化学结构为 5,7,3',4'-四羟基黄酮。

槲皮素的化学结构为 3,3',4',5,7-五羟基黄酮。

芦丁是槲皮素的芸香糖苷，由槲皮素和芸香糖结合而成。

2. 来源：

木犀草素广泛存在于多种植物中，如金银花、菊花、荆芥等。

槲皮素存在于许多水果、蔬菜和植物中，如洋葱、苹果、茶叶等。

芦丁主要来源于荞麦、枣等植物。

3. 生物活性：

木犀草素具有抗氧化、抗炎、抗肿瘤、抗菌等作用。

槲皮素具有抗氧化、抗炎、抗病毒、降血压、降血脂等多种生物活性。

芦丁具有维持血管抵抗力、降低其通透性、减少脆性等作用，常用于心血管疾病的防治。

总之，虽然木犀草素、槲皮素和芦丁都属于黄酮类化合物，但在结构、来源和生物活性等方面存在一定差异。