正念疗法有其坚实的科学依据和理论基础，主要包括以下方面：

科学依据：

1. 神经影像学研究：表明长期的正念练习可以改变大脑的结构和功能。例如，增加前额叶皮质的厚度和活跃度，这与注意力、情绪调节和自我意识等功能相关；同时减少杏仁核的活跃度，杏仁核在恐惧、焦虑等情绪反应中起重要作用。

2. 生理指标的改善：如降低血压、心率变异性的改善、减轻炎症反应等，有助于缓解身心压力和促进健康。

3. 心理和情绪调节：能有效减少焦虑、抑郁和压力等负面情绪，提高心理韧性和情绪稳定性。

理论基础：

1. 佛教心理学：正念疗法起源于佛教的冥想实践，吸收了佛教中对于心念、情绪和意识的观察和理解。

2. 认知行为理论：强调通过改变思维和行为模式来改善心理状态。正念帮助个体觉察到负面的思维模式和自动反应，从而更有效地应对情绪和压力。

3. 身心一体理论：认为身体和心理相互影响，通过对身体感觉的觉察和关注，可以调节心理状态。

4. 注意力理论：正念训练有助于提高个体的注意力和专注力，使其能够更好地控制注意力的分配和转移。

综上所述，正念疗法的有效性得到了多学科的科学研究支持，其理论基础也融合了心理学、神经科学和哲学等领域的观点。