乙型肝炎表面抗原（HBsAg）阳性的患者使用过的手术器械，需要按照严格的消毒灭菌流程进行处理，以避免乙肝病毒的传播。

1. 清洁：使用含有消毒剂的水彻底清洗手术器械，去除血液、组织和其他污染物。

2. 消毒：将手术器械浸泡在消毒液中，通常使用含氯消毒液，也可以使用其他专门针对乙肝病毒的消毒液。消毒时间和浓度应该按照消毒剂的说明书进行。

3. 清洗：用清水彻底冲洗手术器械，以去除消毒剂残留。

4. 干燥：将手术器械放在干燥的环境中，晾干或使用烘干机烘干。

5. 包装：将干燥的手术器械放入密封的容器中，并标记为乙肝病毒污染的器械。

6. 灭菌：将乙肝病毒污染的器械进行高压灭菌或其他灭菌方式，以确保乙肝病毒被完全消灭。

7. 储存：将灭菌后的手术器械储存在专门的区域，并标记为乙肝病毒污染的器械，以备后续处理。

需要注意的是，处理乙肝病毒污染的器械时，必须严格遵守消毒灭菌流程，以确保器械的安全性和避免乙肝病毒的传播。