盐酸小檗碱（黄连素）是一种从黄连、黄柏、三颗针等植物中提取的生物碱，具有显著的抗菌作用。其抑制细菌的作用机理主要有以下几个方面：

1. 破坏细菌细胞膜：盐酸小檗碱可以与细菌细胞膜上的一些物质（如磷脂）结合，破坏细菌细胞膜的结构和功能，使细菌内容物泄露，从而起到杀菌作用。

2. 抑制细菌代谢：盐酸小檗碱可以抑制细菌的代谢过程，包括蛋白质的合成、DNA 的复制和转录等，从而使细菌无法正常生长和繁殖。

3. 抑制细菌核酸合成：盐酸小檗碱可以抑制细菌核酸（DNA 和 RNA）的合成，从而阻碍细菌的繁殖和生长。

综上所述，盐酸小檗碱通过破坏细菌细胞膜、抑制细菌代谢和核酸合成等多种途径，达到抑制细菌的作用。